Wii Zapper asetta voidaan käyttää yhdessä Remote ja Nunchuk ohjaimien kanssa.
Molemmat ohjaimet kiinnitetään aseeseen. Nunchuk ohjaimella pelaaja voi ohjata hahmoa (peleissä, joissa voidaan liikkua hahmolla) ja ruudulla näkyvän tähtäimen liikuttaminen onnistuu liikuttamalla Wii Zapperia käsissä.
Ammut Painamalla Wii Zapperin liipaisinta. Tähtäämällä ruudun ulkopuolelle pelaaja voi kääntää katsomaan toiseen suuntaan (peleissä, joissa tämä on mahdollista)
